Trước khi chính thức tham gia BUD, học viên phải trải qua một chương trình huấn luyện chuẩn bị và "làm quen" kéo dài 5 tuần. Tiếp sau khóa học này là ba giai đoạn huấn luyện đầy gian khổ.

Đầu tiên là rèn luyện thể lực. Đây là giai đoạn nặng nhọc nhất trong cả chương trình huấn luyện. Quá trình này kéo dài 8 tuần, bao gồm các hoạt động như bơi 3,2 km trên biển sử dụng chân vịt, chạy tính giờ 6,4 km bằng ủng, chịu đựng môi trường ẩm ướt, lạnh giá và vắt kiệt sức lực dưới nhiều hình thức. Bên cạnh đó, họ chỉ được phép ngủ 4 tiếng mỗi tối. Đỉnh điểm trong giai đoạn một là "Tuần Địa ngục". Rất nhiều học viên đã phải từ bỏ vì không thể vượt qua quãng thời gian này. "Những đau đớn và khó chịu về thể chất khiến không ít người phải bỏ cuộc", trang web của SEAL có đoạn. "Phương pháp huấn luyện kết hợp lạnh - ẩm gây hạ thân nhiệt sẽ đánh bại nhiều học viên. Các bài tập vắt sức và tình trạng thiếu ngủ sẽ giúp học viên hiểu rõ khả năng, động lực cũng như giới hạn của chính mình". Tiếp sau là giai đoạn huấn luyện lặn kéo dài 8 tuần. Quá trình này chủ yếu tập trung hoàn thiện khả năng thao tác linh hoạt dưới nước và phối hợp tác chiến. Học viên sẽ thực hành các bài tập lặn nín thở, lặn dùng bình dưỡng khí, lặn quãng đường dài, bơi thực thi nhiệm vụ cùng hàng loạt kỹ năng lặn khác. Cường độ tập luyện sẽ tăng dần theo thời gian. Giai đoạn cuối cùng là phiên bản nâng cao của chương trình huấn luyện quân sự cơ bản mà nhiều học viên phải trải qua. "Các hoạt động huấn luyện chuyển từ kiểm tra khả năng phản ứng của học viên trong môi trường căng thẳng cao độ sang đảm bảo sự thuần thục của đặc nhiệm trong thực hiện các nhiệm vụ chiến lược", đoạn mô tả trên trang web của SEAL viết. Các hoạt động trong giai đoạn cuối cùng này bao gồm nghiên cứu chất nổ, huấn luyện sử dụng vũ khí và ngắm bắn chính xác, học chiến thuật tác chiến đội hình nhỏ, kỹ thuật sử dụng dây thừng và tập hợp đội hình. Nếu hoàn thành, các học viên sẽ tốt nghiệp và có vinh dự phục vụ trong hàng ngũ lực lượng đặc nhiệm tinh nhuệ bậc nhất của hải quân Mỹ.